Tanto las jaulas como los moluscos que contienen han de ser limpiados varias veces al año de la suciedad y recubrimientos que quedan adheridos sobre ellas en el transcurso del tiempo.

El más peligroso enemigo de los cultivos perlíferos es un zooplancton que aparece en grandes mareas rojas, y cuyo altisimo consumo del oxígeno del agua pone en peligro explotaciones enteras. Otros enemigos son pólipos, cangrejos, peces y algunos parásitos.

Otro enemigo de los cultivos de perlas es el frío, pues el desarrollo del proceso requiere una adecuada temperatura del agua; la llegada del frío con antelación obliga en ocasiones a trasladar toda la explotación a aguas más calientes.

En la actualidad es cada vez más frecuente trasladar parte de las explotaciones a mar abierto, pues la influencia de las corrientes marinas “estimula” a los moluscos, que producen formas mas hermosas en poco tiempo; por otra parte, este metodo disminuye la sobreexplotación en bahías y mejora las condiciones de vida de los moluscos en las explotaciones costeras.